Evropski univerzitet ima organizacionu strukturu i sistem upravljanja kojim se obezbeđuju postizanje zadataka i ciljeva.
Statut Evropskog univerziteta je osnovni opšti akt kojim se uređuje organizacija, način rada, upravljanje i rukovođenje na Univerzitetu. Statuti fakulteta u sastavu Univerziteta moraju da budu u skladu sa Statutom Univerziteta. Univerzitet daje saglasnost na statut fakulteta u svom sastavu. Ovakav pristup odnosu Statuta Univerziteta i fakulteta u njegovom sastavu daje mogućnost da Unverzitet obezbedi integrativne funkcije utvrđene zakonom i ugovorom o članstvu u univerzitetu.
Evropski univerzitet ima u svom sastavu fakultete, kao osnovne nosioce delatnosti visokog obrazovanja i institute, a univerzitetske oraganizacione jedinice funkcionišu samo na nivou Univerziteta, bez preuzimanja aktivnosti fakulteta i instituta.
Univerzitet u svom sastavu ima:
- visokoškolske jedinice sa svojstvom pravnog lica, a to su:
- fakulteti i
- instituti.
- visokoškolske jedinice bez svojstva pravnog lica koje se razvijaju, a to su:
- Centar za međunarodnu saradnju
- Univerzitetski centar za internacionalne i evropske studije (u razvoju)
- Računarski centar (u razvoju)
- I druge centre u skladu sa programom razvoja Evropskog univerziteta
Evropski univerzitet svoju delatnost obavlja u skladu sa Ustavom Republike Srbije, Zakonom o visokom obrazovanju (sl.gl. 76/05, 100/07, 97/08, 44/10), Statutom Evropskog univerziteta i drugim važećim zakonskim propisima.
